O Mercosul Educacional, oficialmente chamado de Setor Educacional do Mercosul (SEM), é dirigido pelo grupo formado pelos ministros da Educação dos países membros que têm autonomia para decidir sobre a política de implementação da agenda de integração regional.

A integração entre os sistemas educacionais do MERCOSUL ainda dá seus primeiros passos. Dificuldades enormes ainda necessitarão serem superadas, principalmente pela disparidade existente entre os sistemas educacionais do terceiro grau existente.

Brasil e Chile têm semelhanças em seus modelos educacionais, quando é realizada uma comparação sobre o financiamento da educação superior, com a predominância do capital privado. Argentina e Uruguai têm financiamento da educação superior majoritariamente público. No Paraguai, apesar da predominância do capital privado, há uma participação não desprezível de recursos públicos investidos na oferta de educação superior.

Quando é analisada a porcentagem de alunos matriculados nas instituições de educação superior, por área do conhecimento, as semelhanças entre Chile e Brasil não mais existem. O Brasil, com toda a sua dimensão continental, tem matriculado em cursos de Agronomia apenas 2,3% de seus estudantes. No Chile, 5,6% das matrículas, quase o dobro do porcentual brasileiro, estão concentradas na área agrícola, apesar de ser o Chile um país de território acidentado e pequeno.

Nas engenharias a distorção comparativa ainda é maior. Enquanto que no Chile 16,1% do alunado universitário está nelas matriculado, no Brasil, Argentina e Uruguai estes porcentuais variam apenas entre 5% e 7%.

Essas diferenças significativas entre os sistemas educacionais de terceiro grau serão mais um fator a ameaçar a integração educacional, além das grandes disparidades econômicas e sociais existentes entre os países membros, diferentemente da Comunidade Européia, onde há mais homegeneidade, principalmente no que se refere ao desenvolvimento social. As instituições universitárias européias estão convivendo com currículos paralelos: os antigos e os novos, adaptados ao sistema de créditos transnacionais. O curso de Direito da tradicionalíssima Universidade de Coimbra, por exemplo, faz dois anos que oferta o novo currículo padronizado.

Enquanto os países da Comunidade Européia encontram-se, pelo Tratado de Bolonha, na fase de definição de um sistema de créditos unificados, o Mercosul Educacional dá ainda tímidos passos, com medidas genéricas e de poucos efeitos práticos na vida acadêmica das instituições dos países membros em curto prazo.

Apesar da timidez das propostas de integração, algumas medidas importantes foram tomadas no corrente ano de 2008, tais como o Acordo para reconhecimento de profissões universitárias para Arquitetura e Agronomia e a criação do Fundo Educacional Mercosul.